Eine besonders hohe Präzision bei bestimmten Fragestellungen, die zum Beispiel die Bauchspeicheldrüse betreffen, erreicht eine kombinierte endoskopisch-sonographische Untersuchung, die Endosonographie. Hierbei wird eine Ultraschall-Untersuchung mit einer Endoskopie kombiniert.

Das Verfahren nutzt eine Miniaturultraschallsonde am Ende eines speziellen Endoskops. Die Untersuchung, die sehr ähnlich wie eine Magenspiegelung abläuft, ist schmerzfrei und dauert ca. 15 Minuten. Hierbei können sogar Proben aus dem Magen-Darm-Trakt und den benachbarten Organen und Strukturen entnommen werden. Weit belastendere Untersuchungen und nicht selten Krankenhausaufenthalte können so umgangen werden.

Auch für den Enddarm steht eine spezielle Untersuchungsmethode, die rektale Endosonographie,  zur Verfügung. Hiermit können z.B. Fisteln, Abszesse und Tumoren weiter abgeklärt werden. Aus der Eindringtiefe eines Tumors ergibt sich so unmittelbar die geeignete weitere Behandlung, die sich heute zunehmend genauer an dem tatsächlichen Ausmaß des Tumors orientiert.